PloS one
2026-01-01
Opracowanie izotermicznego testu LAMP do szybkiego wykrywania Candida auris
Development of a Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) for the screening of Candida auris.
Recenzja AI
Cel badania
Celem badania było opracowanie szybkiego, czułego i specyficznego testu LAMP do jednoczesnego wykrywania drożdżaków z rodzaju Candida oraz identyfikacji Candida auris w jednej reakcji. Autorzy chcieli porównać jego skuteczność z dotychczas stosowanymi testami qPCR w materiałach klinicznych i modelowych.
Metoda
Zaprojektowano multipleksowy test LAMP z panelem Pan-Candida oraz specyficznym markerem C. auris, zoptymalizowano warunki reakcji (stosunek starterów, temperatura), a następnie oceniono czułość analityczną na rozcieńczeniach DNA i próbkach modelowych (mocz, wymazy, krew pełna). Test porównano z qPCR Pan-Candida i C. auris w 35 próbkach klinicznych dodatnich w kierunku Candida oraz 94 próbkach kontrolnych, dodatkowo sprawdzając krzyżową reaktywność z pospolitymi bakteriami.
Wyniki
Test LAMP pozwalał na rozróżnienie C. auris od innych gatunków Candida, a sonda specyficzna dla C. auris wykrywała 10²–10³ komórek/mL, co stanowiło poprawę o 1–2 log10 względem qPCR (10⁴–10⁵ komórek/mL. W materiałach klinicznych wykryto Candida spp. w 34/35 przypadków (97,1%) i wszystkie próbki dodatnie w kierunku C. auris (9/9), przy 100% swoistości w grupie 94 kontroli i braku reaktywności z bakteriami.
Znaczenie dla praktyki
Test LAMP może stanowić szybką, czułą i tańszą alternatywę dla qPCR do aktywnego nadzoru nad C. auris, szczególnie w szpitalach, domach opieki i na oddziałach wysokiego ryzyka. Dla polskich laboratoriów i zespołów kontroli zakażeń oznacza to możliwość wcześniejszej identyfikacji i izolacji pacjentów skolonizowanych/zakażonych C. auris, co może ograniczyć ogniska szpitalne i ciężkie zakażenia.
Abstrakt oryginalny
BACKGROUND: Candida auris is an emerging multidrug-resistant yeast associated with invasive infections, healthcare-associated outbreaks, and high mortality, and is often misidentified by conventional diagnostic methods. Rapid, accurate, and scalable screening tools are essential for effective infection control, particularly in high-risk settings. MATERIALS AND METHODS: We developed a multiplex loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay that combines a broad-range Candida Pan target with a C. auris-specific target in a single isothermal reaction. Assay conditions were optimized for primer ratio and temperature, and analytical sensitivity was evaluated using serial dilutions of culture-derived C. albicans and C. auris DNA, as well as contrived specimens consisting of urine, swab, and whole-blood matrices. Clinical performance was assessed using 35 Candida-positive clinical specimens (blood, urine, ear swabs) and 94 non-infectious controls. Results were compared with Candida Pan qPCR and C. auris qPCR. Cross-reactivity was tested against common bacterial isolates. RESULTS: Under optimized conditions (1:1 primer ratio, 64 °C), the assay allowed species-level discrimination, with C. auris positive for both Pan and auris channels and C. albicans positive only for the Pan channel. The C. auris-specific LAMP probe detected approximately 10²-10³ cells/mL in culture-derived and contrived specimens, showing a 1-2 log improvement over C. auris qPCR (10⁴-10⁵ cells/mL), while the Pan LAMP channel detected C. auris at around 10⁵ cells/mL. In clinical specimens, Pan LAMP detected Candida spp. in 34/35 cases (97.14%) versus 32/35 (91.14%) for Pan qPCR. All C. auris-positive specimens (9/9) were detected by the multiplex LAMP assay, compared with 6/9 (66.7%) by Pan qPCR. All 94 non-infectious controls and all bacterial isolates tested negative, indicating 100% clinical specificity and absence of cross-reactivity. CONCLUSION: The multiplex Candida Pan/auris LAMP assay provides a rapid, highly sensitive, and specific alternative to qPCR for C. auris screening, while preserving broad Candida detection in a single isothermal reaction. Its improved analytical and clinical sensitivity suggests strong potential for use in active surveillance and infection-control programs, particularly in settings where timely identification and containment of C. auris are critical.